Bundesliga ke Bundesliga, UEFA Cup, dan DFB-Pokal
SV Bayer 04 Leverkusen membuat terobosan di tahun 1968 dengan memenangi gelar seksi, tapi tidak bisa maju lewat set playoff ke seksi pertama. Club itu terdegradasi lagi di tahun 1973, tapi kembali lagi secara cepat ke apakah yang saat ini dikatakan sebagai 2. Bundesliga sesudah cuma satu musim dihabiskan di seksi ke-3. Empat tahun selanjutnya, club dengan gampang amankan tempat di Bundesliga untuk mulai bermain disana pada musim 1979-80.
Pada tengah 1980-an, SV Bayer 04 Leverkusen sudah masuk dalam sisi atas tabel liga serta mapan disana di akhir dasawarsa. Itu semasa waktu ini, di tahun 1984, jika dua sisi club yang sudah berpisah lebih dari pada 1/2 era awalnya digabungkan kembali lagi untuk TSV Bayer 04 Leverkusen e.V. Club baru ambil merah serta putih untuk warnanya.
Kecuali jadi team Bundesliga yang mapan, club ini memperoleh penghargaan pertama kalinya dengan kemenangan menegangkan di Piala UEFA 1988. Turun 0–3 ke Espanyol sesudah putaran pertama final, Bayer Leverkusen bermain seri serta dalam laga kembalinya dan merampas gelar lewat sepakan penalti, 3–2.
Di tahun yang sama, lama eksekutif Bayer Leverkusen Reiner Calmund jadi manager umum club. Ini dipandang seperti salah satunya cara penting dalam riwayat club, sama seperti yang dilaksanakan Calmund pada sebuah 1/2 dasawarsa dari keberhasilan paling besar club lewat pemerolehan pemain yang pintar serta berpandangan jauh ke depan.
Sesudah reunifikasi Jerman di tahun 1990, Reiner Calmund secara cepat tanda-tangani bintang Jerman Timur Ulf Kirsten, Andreas Thom serta Jens Melzig. Tiga pemain bisa menjadi favorite pemirsa instant, serta memberi andil relevan pada team. Calmund merajut contact pertama di sepakbola Brasil, bersahabat dengan Juan Figer, salah satunya agen pemain paling kuat di Brasil. Semasa sekian tahun selanjutnya, superstar pemula, seperti Jorginho serta Paulo Sérgio, masuk dengan team, seperti juga bintang Ceko Pavel Hapal. Club tanda-tangani pemain karismatik, seperti Bernd Schuster, serta Rudi Völler, menolong pastikan populeritas team serta keberhasilan yang terus tumbuh.
Club mendapatkan kehormatan selanjutnya di tahun 1993 dengan kemenangan 1-0 di DFB-Pokal atas tim amatir Hertha BSC yang mengagetkan pada 12 Juni 1993. [10] [11] Pada musim selanjutnya, dalam permainan yang dikenal juga dengan 45 m "Goal of the Year" Jerman oleh Schuster (satu gol yang selanjutnya dinamakan "Goal of the Decade "), Bayer mainkan Eintracht Frankfurt diawalnya musim, serta, untuk "ujung topi" untuk sejarahnya sendiri dan usaha untuk kemungkinan membuat jengkel team Frankfurt, Bayer bermain dalam warna ke-3 yang baru, yang disebut garis merah serta hitam kuno, kaus yang sama yang umumnya dikenai Frankfurt di saat itu. Ini dapat dibuktikan benar-benar terkenal di golongan fans hingga, selang beberapa saat, team kembali pada warna "retro" merah serta hitam, warna yang dipakai pada semua kaus rumah mulai sejak itu.
Sesudah hampir berlangsung musibah di tahun 1996 saat club hadapi pertempuran kemunduran, Bayer Leverkusen menguatkan dianya untuk team yang kuat, tawarkan style bermain ofensif yang membahagiakan dengan cara tehnis di bawah pelatih baru Christoph Daum, yang dibantu dengan penandatanganan pemain seperti Lúcio, Emerson, Zé Roberto serta Michael Ballack. Daum selanjutnya dikeluarkan sebab skandal kokain yang membuat harus naik ke peranan pelatih timnas Jerman.
